Saudi-Arabien bestellte am 25. Mai 2012 insgesamt 55 Pilatus PC-21 für die Ausbildung von Militärpiloten. Später wurde die Unterstützung des Ausbildungsbetriebs im Zusammenhang mit dem saudischen Kriegseinsatz im Jemen Gegenstand des Pilatus-Verfahrens. Das SECO bewilligte das Geschäft; die Flugzeuge wurden geliefert und durch Pilatus-Mitarbeiter vor Ort betreut. Im Mai 2009 stimmte der Bundesrat einer Voranfrage für die Ausfuhr bewaffneter PC-21 in die Vereinigten Arabischen Emirate zu. Im November bestellten die Emirate 25 PC-21; Pilatus verzeichnet die Übergabe der letzten drei Flugzeuge am 30. Januar 2012. Der Auftrag hatte einen Wert von über 500 Millionen Franken. Das SECO erteilte eine Ausfuhrbewilligung. Nach dem Fund von RUAG-Handgranaten in Syrien musste Pilatus im Juli 2012 auch Ersatzteil- und Softwarelieferungen sowie Unterhalts- und Garantieleistungen für die bereits ausgelieferten Flugzeuge vorläufig einstellen. Am 20. April 2011 bewilligte der Bundesrat die Ausfuhr von zwölf Pilatus PC-21 nach Katar und die zeitweilige Ausfuhr von zwei PC-21, die Saudi-Arabien für Testflüge ausleihen wollte. Die Entscheide fielen in die Zeit der Proteste in der arabischen Welt und der saudischen Intervention in Bahrain. Katar bestellte am 23. Juli 2012 bei Pilatus 24 PC-21 samt Ausbildungssystem. Die Lieferung folgte auf die umstrittenen Bewilligungen für Golfstaaten 2011. Pilatus schloss 2017 mit der saudischen Luftwaffe einen fünfjährigen Vertrag über die Betreuung der in Riad stationierten PC-21 ab. Das EDA untersagte Pilatus im Juni 2019 Unterstützungsleistungen für die Luftstreitkräfte Saudi-Arabiens und der Vereinigten Arabischen Emirate unter Verweis auf deren Beteiligung am Jemenkrieg. Das Bundesverwaltungsgericht hob die Verfügung im Januar 2021 auf und wies die Sache zurück: Über eine mögliche Ausnahme aus Staatsinteressen hätte der Bundesrat einbezogen werden müssen. Wegen der aufschiebenden Wirkung war das Verbot während des Verfahrens nicht vollzogen worden. Die Verfügung von 2019 hatte verlangt, rund zwanzig Pilatus-Mitarbeiter innerhalb von neunzig Tagen zurückzuziehen. Bereits im Oktober 2018 hatte das EDA ein Meldeverfahren zu den saudischen Unterstützungsleistungen eröffnet. Pilatus erklärte damals, die Tätigkeiten seien durch eine 2014 erteilte, vier Jahre gültige Generalausfuhrbewilligung abgedeckt und EDA sowie SECO 2015 erläutert worden. Das EDA erklärte dagegen, es sei erst kurz zuvor auf das Geschäft aufmerksam geworden. Gegenstand der Prüfung war die Meldepflicht für im Ausland erbrachte private Sicherheitsdienstleistungen. Im Urteil B-3427/2019 vom 7. Januar 2021 unterschied das Bundesverwaltungsgericht die vom EDA untersagte logistische Unterstützung vor Ort von Dienstleistungen aus der Schweiz. Garantiearbeiten, Produktverbesserungen, Service Bulletins und bestimmte technische Unterstützungsleistungen aus der Schweiz waren von der Verfügung vom 25. Juni 2019 ausdrücklich ausgenommen.